精耕货运33年，目前厦航货运经营厦门航空，代理南方航空、河北航空以及江西航空的货邮运输业务。截止2017年5月，厦航机队规模达到168架飞机，以厦福泉省内、杭州、北京、天津、长沙等基地为核心，航线网络覆盖全中国、辐射东南亚和东北亚，随着悉尼、墨尔本、温哥华、西雅图、纽约、阿姆斯特丹等洲际航线的陆续开通，目前国内航线达到156条、地区航线16条，国际航线36条（洲际航线7条），每周执行航班3000余个。依托厦门航空完善的航班网络资源及腹舱运力资源，厦航货运服务网络覆盖全中国、辐射东南亚和东北亚，连接欧洲、美洲和大洋洲。
厦航货运拥有厦门、福州及杭州三个自有货站，厦门进出港货物处理能力达到12万吨/年。2005年至今，厦航货运累计运输货邮191万吨，保持了货邮运输量的平稳增长。2016年厦航货运共完成货邮运输量22万吨，实现货邮收入5.5亿元。未来5年，随着机队规模的壮大，尤其是宽体机的引进，货邮运输量预计将达到40万吨。
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